La ocupación mas antigua documentada, en Salobreña, se remonta al Neolítico hace unos 6.000 años, cuando grupos de pastores seminómadas frecuentaron la zona, dejando restos de su cultura material en la “Cueva del Capitán”. En esta época el Peñón de Salobreña era una isla. Para comprender este último hecho, así como gran parte de la historia de esta villa, debemos destacar la importancia del río Guadalfeo en el modelado de su entorno.
Los estudios geológicos más recientes indican cómo durante el Neolítico, en lugar de la fértil vega de Motril-Salobreña, aparecía una gran bahía marítima que la posterior colmatación erosiva aportada 
por el río Guadalfeo fue haciendo desaparecer. Durante las épocas del Cobre y del Bronce, los sucesivos aportes dieron paso a una pequeña vega holocénica apta para la agricultura. Sin embargo, el mar cubría amplias zonas de La Caleta y el Portichuelo, por lo que el promontorio de Salobreña era una península cuyo istmo se proyectaba hacia tierra firme, observándose desde su cima la “Isla del Peñón”.
Estos procesos erosivos tuvieron su continuidad durante la época romana y medieval, pero es en época moderna donde se culmina la formación de las actuales vegas, de tal forma que al final de esta, el promontorio de Salobreña había dejado de ser una península, y el Peñón una isla. En la actualidad la construcción de la presa de Rules en el cauce del río Guadalfeo influirá en este largo proceso geológico al cesar el aporte “natural” de sedimentos que el río ha realizado durante los últimos 6000 años.
Es en el tercer milenio a.C. se produce un importante cambio cultural con la aparición de la metalurgia del cobre, el megalitismo y la aparición de asentamientos estables situados sobre promontorios rocosos de fácil defensa, con una economía basada esencialmente en la agricultura y la ganadería. Los hallazgos encontrados, en Salobreña de esta época, son
determinantes para conocer la distribución física del poblamiento: fragmentos de cerámica, útiles de sílex, piedra pulimentada y hueso han aparecido en los yacimientos arqueológicos del promontorio (Paseo de la Flores), monte Hacho y el peñón de Salobreña. Estos asentamientos te
ndrán una continuidad poblacional en la época del Bronce pleno, hacia el 3.500 a.C., y en épocas posteriores.
En el siglo VIII a.C., los fenicios llegan a las costas andaluzas en busca de metales, fundando una serie de colonias-factorías desde las que comerciaban con las poblaciones indígenas. Aquí fundaron una pequeña factoría, es la “Selambina” de las fuentes clásicas, la cual se dedicará sobre todo a la actividad pesquera. A partir del VI a C. “Selambina” cae bajo influencia de Cartago, integrándose en la “Liga púnica del Estrecho”, comandada por la Ciudad de “Gadir” (la actual Cádiz).
La ocupación de Salobreña por parte de los romanos, desde el siglo II a.C., es temprana e intensa, ya que se han encontrado restos de esta cultura prácticamente por todo su término municipal. El promontorio de Salobreña presentaba unas inmejorables condiciones, para un asentamiento, basadas en su posición estratégica frente al mar. Además de los restos encontrados en el promontorio, son significativos los encontrados en el islote del Peñón, los Barreros y los Matagallares.
Durante el Alto Imperio (Siglos I,II, III d.C.) la organización del territorio de Selambina esta plenamente estructurada. En las tierras interiores, explotadas por pequeños núcleos de población denominados “villae” los aprovechamientos agrícolas se basan en el cultivo de la vid, el olivo. Las actividades pesqueras adquieren un gran desarrollo, orientándose hacia las industrias de salazones y salsas como el “garum”. Durante el Bajo Imperio (Siglo IV d.C.), Salobreña es conocida con el nombre de “Segalvina” según consta en las “Actas del Concilio de Iliberis”, donde su comunidad cristiana es representada por el presbitero “Silvanus”.
La ruptura definitiva con Roma, vendrá protagonizada por la invasión musulmana de la Península Ibérica, de tal forma, en el año 713 el territorio de Elvira, cayó en poder de las tropas de Muza, de estas fechas aún no disponemos de noticias directas sobre Salobreña. Tendremos que esperar hasta el siglo X, cuando el geógrafo Al-Razi, habla de un castillo situado en la costa de la Cora de Elvira, pero no es hasta el siglo XII, cuando Al Idrisi nos hable de Salobreña como una alquería. Durante los siglos posteriores, Salobreña debió de ir adquiriendo cada vez más importancia en el territorio costero de Elvira. En época nazarí, siglo XIV, se puede considerar a Salobreña como una Madina, o ciudad completamente formada y que cumpliría el papel principal de elemento organizador del poblamiento, dependiendo de ella una serie de alquerías entre las que destacan Vélez de Benaudalla, Molvízar, Lobres, etc.
En esta época, el cultivo más importante fue sin duda la caña de azúcar. La primera referencia a su cultivo en Salobreña data del siglo X, extendiéndose hasta tal punto su cultivo por la vega, que en vísperas de la conquista dio lugar a una manufactura de cierta importancia. Otros cultivos documentados en esta vega eran el comino, el plátano y varias legumbres.
El fin de la Salobreña musulmana se sitúa en el año 1.489, cuando tras la caída de Baza y Almería, toda la costa de Granada, bajo control de El Zagal, pasará a dominio castellano. La intervención de 
Francisco Ramírez de Madrid en la conquista de Salobreña fue sin duda decisiva, en premio de lo cual, los Reyes Católicos lo nombraron alcaide de su fortaleza. La rebelión de los habitantes de la ciudad a favor de Boabdil en 1.490, marcará el proceso de ocupación de la zona por los castellanos. Los musulmanes de las alquerías quedaron en sus lugares, mientras que la ciudad será ahora ocupada íntegramente por los castellanos, quedando prácticamente despoblada durante mucho tiempo. La definitiva expulsión de la población musulmana se produjo con la rebelión de los moriscos granadinos en la Navidad de 1.568, en la Alpujarra. Los moriscos de la zona de Salobreña también se levantarían en armas por lo que en febrero de 1.569 tuvo que intervenir el Marqués de Mondéjar para someterlos.
Por lo que a la agricultura se refiere, la caída del Reino de Granada no supuso una disminución en la superficie ocupada por este cultivo, en el siglo XVI la industria del azúcar era todavía pujante, siendo este producto el más extendido de la vega de Motril-Salobreña. Pero es durante los siglos XVII y XVIII, cuando experimenta una crisis lenta y profunda, hasta que a mediados del siglo XVIII, desapareció prácticamente, siendo sustituido por el algodón.
Sobre el urbanismo de Salobreña en esta época poco sabemos, Mármol Carvajal nos aporta algunos datos : “Salobreña es una villa muy fuerte que por arte y por naturaleza de sitio : está en la orilla del Mar Mediterráneo, puesta sobre una peña muy alta : adelante tiene una isleta y a poniente della una playa muy abrigada de levante, donde llegan a surgir los navíos. La villa está cerrada de muros(…). En lo más alto hacia el cierzo tiene un fuerte castillo (…)la cual fuera capaz de seiscientas casas si tuviera toda poblada, más en este tiempo no tenía más de ochenta vecinos”. La población se concentraría en el actual barrio de la Villa, distribuida en torno a la antigua Plaza del Ayuntamiento e Iglesia Parroquial de Nuestra Señora del Rosario.
La Edad Contemporánea se abre en nuestras tierras con un conflicto bélico de hondo calado: la Guerra de Independencia, entre los años de 1812 y 1814, Salobreña se integrará en la partida de la costa, capitaneada por el alcalde de Otivar, Juan Fernández Caridad, que hostigará sin descanso a las tropas francesas que ocuparon la zona.
El siglo XIX verá un nuevo resurgir del cultivo de la caña de azúcar y su industria. El agotamiento del cultivo algodonero hacia el 1.840, inició un nuevo ciclo de expansión de la caña de azúcar. Los adelantos tecnológicos que se habían experimentado en Cuba desde principios del siglo XIX, se adaptaron a nuestra zona. Estas innovaciones se basaban en el uso del vapor como fuerza motriz y como fuente de calor para la concentración y limpieza del producto y propiciaron que el cultivo de la caña volviera a ser dominante en la vega del Guadalfeo, hasta que en el siglo XX, entrara nuevamente en crisis. Entre las iniciativas empresariales de esta época destaca en Salobreña la construcción de la Fábrica “Nuestra Señora del Rosario” por D. Joaquín Agrela Moreno, comprando para ello unos terrenos situados en la Caleta de Salobreña.
Llegamos al siglo XX, en el que la pérdida del carácter militar de Salobreña y el resurgimiento de la industria azucarera, motivan la ampliación del perímetro urbano de la villa lo que obliga a la demolición de restos de murallas. Ya en la década de los 50 y 60, la expansión urbana se realiza hacia la Cañada. No será hasta los 70 y 80, cuando el casco urbano se expande por los terrenos de vega colindantes a la roca. El boom turístico de la década de 1960 no repercutió en Salobreña como en otras zonas, a pesar de que en 1964 fue declarada zona de interés turístico nacional, y sería a partir de los años 80 cuando inicie un gran despegue. Salobreña es hoy un pueblo que tiene sus miras puestas en el turismo para su futuro desarrollo, que ha visto aumentada su trama urbana espectacularmente en la última década superando su población los 10.000 habitantes.